一、LC-MS/MS：无标记定量的核心技术支撑

无标记定量（Label-Free Quantification, LFQ）之所以成为当前蛋白质组学研究中的主流定量方式之一，很大程度上得益于 LC-MS/MS 技术的发展。LC-MS/MS 是液相色谱与串联质谱的联合平台，其中 LC 负责将复杂多肽混合物进行高效分离，MS/MS 则对分离后的肽段进行定性与定量检测。在 LFQ 中，质谱一级（MS1）的信号强度——即肽段的峰面积，是蛋白相对丰度计算的关键依据，而 MS/MS 生成的碎片谱图则用于蛋白鉴定。这种依赖高分辨率、高稳定性的检测体系，使得 LC-MS/MS 成为 LFQ 成败的决定性因素。

二、从样本到数据：LC-MS/MS 在 LFQ 中的完整流程解析

无标记定量蛋白质组学的实验流程从样本准备开始。蛋白抽提后需进行酶解、脱盐并统一浓度，确保上机一致性。随后，样本经纳升液相色谱分离系统处理，通常使用反相 C18 柱，并通过梯度洗脱在 60~120 分钟内缓慢释放肽段，有效提升分离度，减少共洗脱现象。随后进入质谱分析阶段，常用的数据采集模式包括 DDA（依赖最强离子进行碎裂）和 DIA（覆盖所有预设 m/z 区间，数据完整性更强）。最后，通过 MaxQuant、DIA-NN 等工具完成蛋白定量、归一化处理和差异分析，构建表达谱及功能注释。

1、蛋白样本前处理

LFQ样本无需标记，通常包括以下步骤：

（1）蛋白抽提与定量（BCA、Bradford）

（2）胰酶酶解生成多肽

（3）肽段脱盐纯化（C18柱）

（4）上样浓度标准化处理

百泰派克采用自动化液处理平台实现高通量样本前处理，提升数据一致性。

2、液相色谱分离（LC）

肽段混合物上样后，先通过纳升级反相色谱系统进行分离：

（1）使用 C18 纳柱（通常为75 µm × 15 cm）

（2）梯度洗脱时间常设为60-120分钟，以提高分辨率

（3）搭配在线纳喷（nanoESI）提升离子化效率

高质量的分离能减少肽段共洗脱，提升峰识别的准确性，是获得高信噪比MS数据的关键。

3、质谱检测（MS/MS）

无标记定量常见数据采集模式包括：

（1）DDA（Data-Dependent Acquisition）：

• 先进行MS1全扫描（300–1800 m/z）
• 选择Top-N最强峰碎片化（MS2）进行定性分析
• MS1强度用于定量（LFQ核心）

（2）DIA（Data-Independent Acquisition）：

• 将m/z区间划分为连续窗口，同时碎裂所有肽段
• 配合离线谱图库或人工建库，提升数据完整性
• 更适合大样本量或对缺失值敏感的项目

4、数据提取与分析

采集完成后，LFQ定量依赖于特定软件平台进行数据提取与统计：

（1）MaxQuant + Perseus：目前最主流的LFQ分析组合，支持蛋白鉴定、定量与差异分析；

（2）MSFragger、DIA-NN（DIA用）：支持更快的数据搜索与高灵敏度的定量建库；

（3）数据标准化：Log2转化、Z-score归一、缺失值填补等；

（4）差异分析 + 功能富集 + 网络构建（如GO、KEGG、PPI分析）一体完成。

百泰派克拥有专业生信团队，可根据客户研究目标提供从原始数据至发表级图表的一站式分析服务。

三、无标记定量蛋白质组学技术优势与潜在挑战

1、技术优势：

（1）无需标记，简化流程，降低成本

（2）适合大规模样本批次分析

（3）支持任意样本补充、灵活上机

（4）数据易于与转录组、代谢组对接

2、挑战与应对：

（1）批间差异与LC漂移：解决方案是引入QC样本 + RT对齐算法；

（2）缺失值问题：通过多重插补 + 数据归一化模型优化；

（3）低丰度蛋白识别率低：延长色谱梯度 + 使用DIA模式 + Orbitrap高灵敏设备提升覆盖。

四、适用场景广泛，灵活应对各类研究需求

得益于 LC-MS/MS 平台的不断升级，LFQ 已广泛应用于多种研究方向，包括癌症组织或血浆样本的差异表达分析、药物处理前后蛋白谱变化监测、细胞信号通路激活状态评估、外泌体及微量样本定量研究等。尤其在机制探索、标志物筛选与高通量初筛阶段，LFQ 展现出性价比高、结果全面、流程灵活的优势。通过合理优化 LC 梯度、质谱参数与数据分析路径，研究者可基于 LC-MS/MS 平台构建系统而稳定的蛋白质表达数据库。

五、百泰派克生物科技：为您的 LFQ 项目提供专业支撑

百泰派克配备多台 Thermo Orbitrap 系列质谱仪，结合高效液相色谱系统与自动化前处理平台，能够为不同研究需求提供个性化 LFQ 技术解决方案。无论是 10 样本还是 100 样本，无论是组织、血液还是外泌体，我们都能提供从样本制备、质谱上机、数据提取到功能注释的全流程服务，并可按需整合代谢组、转录组等多组学分析需求。我们致力于让科研人员以更低的实验门槛，获得更高质量的数据支持与结果转化能力。

LC-MS/MS 不仅是 LFQ 的基础，更是其精度和可重复性的保障。随着质谱硬件性能提升和数据算法不断优化，无标记定量蛋白质组学将在更多科研和产业化场景中发挥更大潜力。如果您正在筹划蛋白组定量研究，欢迎与百泰派克生物科技联系，我们将为您的研究提供强有力的技术支持和解决方案，助力科研成果从“可见”到“可发表”。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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